Margareta Vasa var syster till Gustav Vasa. Hon gifte sig 30 mars 1516 med Joakim Brahe och fick barnen Brita och Per (känd som Per Brahe d. ä.).Joakim avrättades i Stockholms blodbad 1520, då även hennes far Erik Vasa avrättades. Hon ärvde Rydbyholm efter sin avrättade far Erik Vasa.
Margareta fördes som fånge till Köpenhamn, där hon levde i fängsligt förvar i Blå Tornet. Tillsammans med henne satt i fängelse även Margaretas mor, Cecilia Månsdotter, hennes mormor Sigrid Banér och hennes moster Kristina Gyllenstierna. Margareta överlevde, men hennes mor och flera andra dog av pesten.
Margareta återvände till Sverige 1524 och året därpå gifte hon om sig med den stilige tyske greven Johan av Hoya. Med Johan fick hon två söner.
Johan bröt 1534 med kungen och flydde till Tyskland. Med till Tyskland följde Margareta och sonen Per Brahe d ä. Efter Johans död 1535 vågade Margareta inte återvända av rädsla för att kungen skulle skada hennes barn.
Margareta dog 31 december 1536 i Reval (nuvarande Tallin i Estland) och begravdes framför högaltaret i domkyrkan, S:t Olafs kyrka.