Henrik Klasson Horn anlitades mycket av Gustav Vasa och dennes båda äldsta söner Erik XIV och Johan III. Gustav Vasa förordnade Horn till kammarråd under tiden 1539-1542 samt till lagman i södra Finland åren 1549-1561. Han förordnades även till guvernör i Finland år 1551.År 1555 deltog Henrik Klasson Horn i fälttåget mot Nöteborg.
1558–1563 var Henrik Klasson Horn en av hertig Johans närmaste rådgivare. Horn övergick sedan till kung Erik XIV och blev i oktober 1563 krigsöverste i Livland. År 1565 blev Horn ståthållare på Reval och över Livland. Han utövade en berömvärd verksamhet i Estland, men sedan han lidit ett nederlag 1567, fråntogs han befälet.
Sedan Johan kommit på tronen, avsattes Horn 1568 från ståthållareämbetet, men det dröjde inte länge innan på nytt var i gunst. År 1573 blev han överstebefälhavare i Finland och 1574 blev han på nytt ståthållare på Reval. Sedan försvarade han Reval mot de belägrande ryssarna 1577 och blev samma år lagman i norra Finland. 1578 företog han ett nytt härjningståg inom Ryssland.
De grymheter, till vilka han såväl 1577 som under ett senare fälttåg mot Narva år 1579 gjorde sig skyldig, fördunklade i hög grad segerns ära och ogillades på det högsta av kungen. Han blev emellertid ståthållare på Keksholm 1582 och ståthållare över västra Finland 1585. Han fick avsked från samtliga ämbeten år 1586.