Johan efterträdde jämte sina yngre bröder den döde fadern i styret av Rostock 1226. 1227 titulerade han sig herre av Mecklenburg, 1230 herre av Rostock, 1232 furste av Mecklenburg samt 1257 herre av Wismar.I slaget vid Bornhöved i Holstein 1227, då Valdemar Sejr besegrades, gjorde sig Johan och bröderna fria från dansk överhöghet. Men mecklenburgarna hamnade nu istället under sachsiska och holsteinska länsanspråk, vilket resulterade i ständiga strider med Sachsen-Lauenburg och Schauenburg-Holstein.
Tvister förekom även mellan Johan och hans yngre bröder. Stridigheterna ledde 1234/1236 till en delning mellan dem, varvid Johan erhöll de gamla mecklenburgska stamområdena. Denna delning kom att föranleda århundraden av strider mellan linjerna Mecklenburg och Wenden-Werle.
Då brodern Pribislavs grevskap Parchim sönderföll vann Johan 1256 Sternberg. Han hamnade därmed i motsättningar med Schwerin, vilket vann den största delen av grevskapet.
Johan försökte förgäves vinna tillbaka östra Holstein-Wagrien från Schauenburg-Holstein. Han kämpade också med Schwerins biskopar om tiondet och andra rättigheter.
Under Johans regering grundades Malchow och Güstrow som städer. Han stödde kyrkan och utvidgningen av tyska bosättningar. 1262 slöt han ett förbund med welferna mot Danmark.
Johan avled 1 augusti 1264.